Алгоритм функционирования системы определяется встроенной программой управляющего модуля СРК-М2-У а также:

• температурой в помещении, и наружной температурой, измеряемыми датчиками температуры. Для устранения тремора (частого включения/выключения) на границе температурных режимов, применён алгоритм с гистерезисом. Значение гистерезиса для температурных порогов задаются пользователем при настройке системы;
• состоянием оборудования (нормальное, аварийное). Информация о нем передается интерфейсными модулями, к которым подключено это оборудование. Реагирование системы на аварийный сигнал от оборудования происходит мгновенно. Реагирование на отсутствие сигнала «работает» от оборудования происходит с задержкой 5 сек после его включения, давая возможность ему прийти в рабочее состояние после включения;
• параметрами настройки интерфейсных модулей, устанавливаемыми в модуле управления СРК-М2-У при пусконаладочных работах и оператором при эксплуатации. Основными параметрами для каждого модуля являются «вид оборудования» и «функция управления», и в целом для системы температурные пороги;
• внешними сигналами, подаваемыми на дискретные входы управляющего модуля СРК-М2-У.